对于判处死刑缓期两年执行的罪犯，人民法院应当将执行通知书等有关的法律文书交付监狱等执行机关执行。对于被判处死刑缓期两年执行的罪犯，在两年考验期内或者期满后，可能由于其故意犯罪而被核准执行；也可能由于其没有故意犯罪，而被减轻刑罚。无论哪一种结果出现，都直接涉及到执行中的刑罚变更问题。死刑缓期两年执行的变更程序是一个特殊的程序，其减刑从原则上来讲不属于减刑的程序；核准死刑，也非一般的核准死刑程序。因此，不论是从那一方面的变更来讲，它都是一个特殊的程序。
（一）变更的条件
刑事诉讼法第210条第2款规定：“被判处死刑缓期两年执行的罪犯，在死刑缓期执行期间，如果没有故意犯罪，死刑缓期执行期满，应当予以减刑，由执行机关提出书面意见，报请高级人民法院裁定；如果故意犯罪，查证属实，应当执行死刑，由高级人民法院报请最高人民法院核准。”这一规定明确将罪犯是否在考验期内故意犯罪作为死刑缓期两年执行变更的惟一条件。
（二）变更的程序
对于被判处死刑缓期两年执行的罪犯在考验期内任何时候，如果故意犯罪，查证属实，应当执行死刑的，无需两年期满，应当由罪犯服刑监狱提出执行死刑的书面意见，报经主管的司法行政机关同意以后，由高级人民法院报请最高人民法院核准，并由最高人民法院院长签发执行死刑的命令，交由执行机关所在地的中级人民法院，按照执行死刑的程序执行。
对于死刑缓期两年执行的罪犯在考验期内没有故意犯罪的，所在的执行单位即应提出变更执行刑罚的意见及其理由，并报经当地的司法行政机关审批。
为了有效地考验判处死刑缓期两年执行的罪犯，对其适用减刑，必须在两年期满以后进行。监狱等执行机关应根据死缓罪犯在狱中的不同表现，两年期满时，提出将该罪犯减为无期徒或者有期徒刑的具体意见。但是，因故意犯罪，查证属实，需核准死刑的，必须受两年期满的限制。就是说，故意犯罪必须是在两年的考验期内实施的，不在两年的考验期内故意犯罪，则不能报请核准死刑。如果死缓犯在两年考验期内没有故意犯罪，但在执行机关报请高级人民法院裁定减刑期间故意犯罪的，不能直接改为报请核准死刑。而应当依法对死缓犯报请减刑，然后对其又犯的新罪进行审判，再将减刑以后的刑罚与对又犯罪的判决确定的刑罚按照数罪并罚的规定，决定执行的刑罚。
司法行政机关对刑罚执行机关提出的变更刑罚的意见经审核同意的，应当再报请当地高级人民法院决定。
对司法行政机关报请变更死刑缓期两年执行的案件，高级人民法院应当指定审判员一人对该案进行审查。审判员审查时，应当分别审查下列内容：
(1) 如果是减轻刑罚的，应当按照减刑的有关材料进行审查。
(2) 如果是核准死刑的，应当认真审查死刑缓期两年执行的罪犯有无故意犯罪的事实，其事实是否发生在两年的考验期内，如果有必要，审判人员可以到监狱认真核实有关的证据材料。
审判人员审查后，合议庭应当进行评议。根据刑事诉讼法的规定和案件的情况，合议庭可以分别做出以下处理决定：
(1) 凡是确属故意犯罪，经查证属实的，可以报请最高人民法院核准死刑。
(2) 如果没有故意犯罪，两年期满的，可以裁定予以减刑。
一般减为无期徒刑，如果死刑缓期两年执行的罪犯在缓期执行期间，没有故意犯罪并确有悔改或者立功表现的，两年期满以后，可以减为15年以上20年以下有期徒刑，附加剥夺政治权利的刑期也应同时减为3年以上10年以下。
根据监狱法第30条的规定，人民法院应当自收到监狱的减刑建议书之日起1个月内予以审核裁定；案件复杂或者情况特殊的，可以延长1个月。这一规定有利于从法律上保证减刑裁定的及时做出，有助于防止和杜绝过去因无法定时限规定而使减刑案件久拖不决的现象，有利于对罪犯进行改造。
凡是减为无期徒刑或者有期徒刑的，人民法院应当向罪犯宣布减刑的裁定，确有困难的，可以委托所在地法院或者执行机关代为宣告。减刑裁定书的副本应当送达被执行人、被执行人所在的监狱机关、原审人民法院和对罪犯所在的监狱机关负有检察任务的人民检察院。