由于刑事诉讼法的修订先于刑法的修订，所以刑事诉讼法中对单位犯罪案件的审理程序未做任何规定，为解决这一立法上的欠缺，《法院解释》中对单位犯罪诉讼程序的一些问题做了特殊规定，主要内容如下：
1．法院受理单位犯罪案件，除依照有关规定进行审查外，还应当审查起诉书中是否列明被告单位的名称、住所地，以及代表被告单位出庭的诉讼代表人的姓名、职务、通讯处。未按规定列明的，应当通知人民检察院在3日内补送。
2．代表被告单位出庭的诉讼代表人，应当是单位的法定代表人或者主要负责人；法定代表人或者主要负责人被指控为单位犯罪直接负责的主管人员的，应当由单位的其他负责人作为被告单位的诉讼代表人出庭。被告单位的诉讼代表人与被指控为单位犯罪直接负责的主管人员是同一人的，人民法院应当要求人民检察院另行确定被告单位的诉讼代表人出庭。
3．人民法院决定开庭审理单位犯罪案件，应当通知被告单位的诉讼代表人出庭。接到出庭通知的被告单位的诉讼代表人应当出庭。拒不出庭的，人民法院在必要的时候，可以拘传到庭。
4．人民法院审理单位犯罪案件，被告单位的诉讼代表人享有刑事诉讼法规定的有关被告人的诉讼权利。开庭时，诉讼代表人席位置于审判台前左侧。被告单位需要委托辩护人的，参照有关规定办理。
5．被告单位的违法所得及其产生的收益，尚未依法追缴或者扣押、冻结的，人民法院应当根据案件具体情况，决定追缴或者扣押、冻结。人民法院为了保证判决的执行，根据案件具体情况，可以先行扣押、冻结被告单位的财产或者由被告单位提供担保。
6．人民法院审理单位犯罪案件，被告单位被注销或者宣告破产，但单位犯罪直接负责的主管人员和其他直接责任人员应当负刑事责任的，应当继续审理。