侦查终结，对案件应当如何处理，刑事诉讼法对公安机关和检察机关分别作了规定。公安机关侦查的案件，侦查终结后，应当做到：犯罪事实清楚；证据确实、充分；案件定性准确；法律手续完备；无遗漏罪行和应当追究刑事责任的人。侦查机关应写出起诉意见书，连同案卷材料、证据一并移送同级人民检察院审查决定。共同犯罪的案件，在起诉意见书中应当写明每个犯罪嫌疑人在案件中的地位、作用、具体罪责和认罪态度，分别提出处理意见。
      刑事诉讼法第130条规定：“在侦查过程中，发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，应当撤销案件；犯罪嫌疑人已被逮捕的，应当立即释放，发给释放证明，并且通知原批准逮捕的人民检察院。”实践中，撤销刑事案件，应制作撤销案件决定书，并报有关领导批准后执行。
      人民检察院侦查终结的案件，侦查终结后，应当根据案件的不同情况，分别做出提起公诉、不起诉或者撤销案件的决定。检察实践中，对于犯罪事实已经查清，证据确实、充分，需要对犯罪嫌疑人追究刑事责任，应当提起公诉的，要先由负责案件侦查的业务部门提出提起公诉的意见，并连同案卷材料、证据一并移送刑事检察部门审查。经刑事检察部门审查后，根据案件的情况，提出是否提起公诉的意见，然后报告检察长或检察委员会决定；对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，做出不起诉决定。在侦查过程中，发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，或者犯罪证据不足的，应当做出撤销案件的决定。